Obecně se doporučuje nechat si mikrobiom vyšetřit asi 2–4 týdny po dobrání antibiotik, aby se střeva měla možnost alespoň částečně uklidit a obnovit mikrobiální rovnováhu. Okamžitě hned po antibiotikách bývá mikrobiom velmi narušený a výsledky by spíše ukazovaly akutní dopad antibiotik než tvůj běžný stav. Co se týče firem, mezi častěji doporučované patří Viome, Atlas Biomed a BiomeSense - liší se v přístupu k analýze a interpretaci výsledků. Například Viome se zaměřuje i na funkční aktivitu mikrobiomu a doporučení pro výživu, Atlas Biomed zase nabízí přehledné výsledky a spojení s genetickým testováním, a BiomeSense klade důraz na dlouhodobé sledování změn. Výběr záleží na tom, co konkrétně chceš zjistit (stručně: funkce, sestava druhů, doporučení k dietě) a jak detailní analýzu preferuješ.